为优化学科配置，提升团队创新能力，锻炼提高青年科技骨干，2008年11月-2009年2月，亚林所开展了创新团队重组和岗位聘任工作，公布并实施了《亚林所科研团队聘任工作实施办法》及《亚林所科研体系设置方案》等文件。依据文件要求，竞聘者按研究方向设置方案自由组合形成了不同的研究组，所内组织聘任委员会对拟成立研究组进行评审，并报所领导班子会议研究。最终，全所确定组建了二十个研究组(含小组)，并在此基础上组合形成生态环境与保护、林业生态工程、林木育种与培育、竹类、经济林、生物技术六个研究室。同时对研究室主任、首席专家（责任专家）、专家、专家助理、科研辅助人员进行了岗位评聘。