容器的摆放有多种方法，根据具体的情况和条件而定：

(1)集约化、标准化摆放

容器生产出来后通过切段机切段再将容器摆放到托盘里。托盘有几种结构。

一种穴盘，本身就有可以固定容器的巢穴，穴盘底部有大的网孔结构，可以架空育苗，容器底部和侧面均可以空气断根，也可用机械器具切根。由于容器有一定的固定位置，又有一定的间隙，切割起来速度很快，也很方便，可通过专用工具进行断根。一次性投资较大，但若规模化生产，机械化程度高，生产效率高，成本也可降到较低水平。

(2)简易托盘的摆放

利用市场上常见的塑料托盘，如生产芽菜的托盘来摆放容器，摆放时可以选用人工码盘。码盘时容器与容器之间紧贴摆放，培育大苗时容器之间可加竹片或木条进行隔离。托盘底部有网孔可架空育苗，容器的侧壁可通过空气断根或人工位移来断根，有的育苗单位将容器摆到自制的竹片或木帘上。

(3)传统的大田苗床摆放

利用该方法育苗时，苗床要平坦，有条件的也可以铺一层沙子，将容器直接摆到上边，容器之间要紧贴，靠苗床边最外一排容器的侧壁要用土培上，以免水分蒸发太快，增加管理难度。由于该容器具有透气、透水、透根的特点，当容器紧贴摆放时水分可以互相渗透，而且容器的底部也可从土壤中直接吸收水分和营养，从而降低了管理的难度，因此用这种方法摆放的容器苗，在根系没长出容器之前，可用所熟悉的裸根苗的管理方法进行管理。当根系从容器侧壁长出时，可利用空气断根或通过移动位置来断根，当容器底部的根系长到苗床土里时，也可用传统的机械断根方法切断底根。

该育苗方式当需要侧壁和底部修根时，可以设计简单的机械进行手工修根，或者用专机器机械化快速修根。也可用一种透气透水不透根的布铺在容器底部，阻断根系，避免根系扎到苗床土里。